第二次新吉翁战争结束十二年后地球联邦维持着腐朽高压的统治持续压榨地球居民。哈萨维诺亚以化名马夫蒂纳比尤艾林领导反政府武装“马夫蒂”通过暗杀联邦高官的方式展开抗争。第一部结尾他驾驶高达从菲律宾达沃突围与新人类少女琪琪安达露西亚短暂相遇联邦军上校肯尼斯斯雷格组建专门讨伐马夫蒂的特殊部队喀耳刻部队本片由此得名。
奥恩贝利的汇合三方人物各自行动
哈萨维带领马夫蒂主力抵达澳洲北部奥恩贝利当地反抗武装由法比奥利维拉指挥他们痛恨联邦军队暴行却未与马夫蒂核心领导层正式联络。哈萨维击溃当地联邦金伯利部队俘虏金伯利将军收编法比奥的奥恩贝利方面军扩充了马夫蒂的战力。
琪琪安达露西亚游走在联邦上层拥有新人类感知能力被权贵视作“幸运的护身符”。她周旋于贵族鲍丁伍德伯爵又被肯尼斯看重对方希望利用她的NT感应预判哈萨维的行动。但琪琪内心对哈萨维抱有很深的感情既不希望他死去又无法彻底投身反抗运动。
肯尼斯一边筹备阿德莱德会议防御、布置喀耳刻部队的围剿网一边收到联邦刑事警察机构汉德利约克桑的秘密密约。警察机构与军方各有算盘约克桑希望跳过军方直接抓捕哈萨维双方互相猜忌利用。佩涅罗佩在达沃一战受损严重驾驶员雷恩艾姆无法立刻出战联邦只能调配其他MS填补战力缺口。
情报欺骗、海上损失向阿德莱德进发
联邦放出会议改至广州的假消息马夫蒂内部产生巨大分歧。法比奥信以为真打算将兵力调往达尔文准备进攻广州方向。哈萨维识破圈套将计就计让奥恩贝利方面军在达尔文发动佯攻制造马夫蒂主力扑向广州的假象掩护真正目标阿德莱德。
马夫蒂主力船队分批秘密南下横穿澳洲大陆途经艾尔斯岩向着阿德莱德移动。琪琪搭乘肯尼斯的运输机跟随喀耳刻部队前往澳大利亚航行途中联邦海军截击马夫蒂伪装运输船击沉代号M3的英勇号马夫蒂损失大量人员与物资。
运输机准备降落达尔文时琪琪的新人类直觉发出危险预警肯尼斯紧急下令规避两架运输机仍遭马夫蒂地面火箭筒伏击摧毁只有肯尼斯、琪琪所在的主机勉强脱险。经历危机后琪琪精神负担加重她不断试图通过精神感应呼唤哈萨维劝他放弃革命。
艾尔斯岩会战留下悬念
马夫蒂与喀耳刻部队在艾尔斯岩一带爆发大规模会战哈萨维驾驶高达出战激战中高达外层伪装装甲被炮火剥落露出本体象征他撕下“马夫蒂”的伪装展露真实面目。
琪琪只身闯入交战区域来到高达面前要求哈萨维摘面罩两人在驾驶舱内重逢。琪琪哭着恳求他放弃袭击阿德莱德哈萨维清楚自己的革命道路没有回头路为保护琪琪他刻意表现冷漠斩断两人羁绊。
这场战斗马夫蒂蒙受惨重损失作战计划被迫打乱。本片收束留下巨大悬念袭击内阁会议的计划仍在推进肯尼斯继续追猎马夫蒂约克桑的秘密阴谋也在暗处发酵故事将由第三部剧场版完成最终决战与结局。