第二次新吉翁战争结束十二年后地球联邦的高压统治仍在持续压榨地球居民。哈萨维诺亚以化名马夫蒂纳比尤艾林组建反政府武装通过暗杀联邦高官展开抗争。第一部结尾他驾驶高达从菲律宾达沃突围与新人类少女琪琪安达露西亚短暂相遇联邦军上校肯尼斯组建专门讨伐马夫蒂的喀耳刻部队本片由此得名。
奥恩贝利的汇合三方人物各自行动
哈萨维带领马夫蒂主力抵达澳洲北部的奥恩贝利当地有一支由法比奥利维拉指挥的地方反抗武装虽痛恨联邦暴行却未与马夫蒂核心层正式联络。哈萨维击溃当地联邦金伯利部队、俘虏金伯利将军正式收编这支武装扩充了马夫蒂的战力。
琪琪游走在联邦上层拥有新人类感知能力被权贵视为“幸运的护身符”。她周旋于贵族鲍丁伍德伯爵同时被肯尼斯看重对方希望利用她的NT感应定位马夫蒂。但琪琪对哈萨维抱有深厚感情内心矛盾既不希望他死去也无法彻底投身反抗运动。
肯尼斯的布局与多方角力
肯尼斯一边筹备阿德莱德会议的防御布置喀耳刻部队的围剿网一边收到联邦刑事警察机构汉德利约克桑的秘密密约。警察机构与军方各有盘算约克桑希望跳过军方直接抓捕哈萨维拿到马夫蒂全部情报双方互相猜忌、利用。
佩涅罗佩在达沃一战受损严重驾驶员雷恩艾姆无法立刻出战联邦只能调配其他MS填补战力缺口。琪琪辗转前往香港这里是各方情报交易枢纽财阀、联邦特务、马夫蒂间谍在此交错。她向联邦提供模糊感应线索又暗中给马夫蒂泄露关键信息成为左右局势的变数。
情报欺骗、海上损失向阿德莱德进发
联邦放出阿德莱德会议改至广州的假消息马夫蒂内部产生分歧法比奥信以为真打算调兵前往达尔文。哈萨维识破圈套将计就计让奥恩贝利方面军在达尔文佯攻制造主力扑向广州的假象掩护真正目标阿德莱德。马夫蒂主力船队分批秘密南下横穿澳洲大陆途经艾尔斯岩向阿德莱德移动。
航行途中联邦海军截击马夫蒂伪装运输船击沉代号M3的英勇号马夫蒂损失大量人员与物资。运输机准备降落达尔文时琪琪的新人类直觉发出危险预警肯尼斯紧急下令规避仍有两架运输机被地面火箭筒摧毁仅主机脱险。经历危机后琪琪精神负担加重不断试图通过精神感应呼唤哈萨维劝他放弃革命。
艾尔斯岩决战留下悬念
马夫蒂与喀耳刻部队在艾尔斯岩一带爆发大规模会战哈萨维驾驶高达出战。激战中高达的外层伪装装甲被炮火剥落露出高达本体象征哈萨维撕下“马夫蒂”的伪装展露本人的真实面目。
琪琪只身闯入交战区域来到高达面前要求哈萨维摘下面罩。两人在驾驶舱内重逢琪琪哭着恳求他放弃袭击阿德莱德。哈萨维清楚自己的革命道路没有回头路为保护琪琪刻意表现冷漠将她推开。这场战斗马夫蒂蒙受惨重损失计划被迫打乱第二部结尾琪琪离开高达双方就此分别。哈萨维继续带领残存部队向阿德莱德前进肯尼斯仍在追猎马夫蒂约克桑的阴谋也在暗处发酵本片收束留下悬念故事将由第三部剧场版完成最终决战与结局。